При учете применения с балансом в пределах допустимого отклонения появится предупреждение об отклонении в оплате. Затем можно решить, каким образом учитывать и документировать баланс.
Откройте окно 
Финансы
Настройка.
На закладке Применение установите флажок в поле Отклон. в Оплатах Предупрежд. для активизации предупреждения. Для отключения предупреждения снимите флажок.
Установите флажок в поле Отклон. в Скидках Оплаты Предупрежд. для активизации предупреждения. Для отключения предупреждения снимите флажок.
Если используется функция Применить Самый Поздний, предупреждение об отклонении в оплате должно быть отключено. Если предупреждение активизировано, программа будет его игнорировать.
При отключении предупреждений следует убедиться, что в настройках Финансов указан счет, на котором должны учитываться отклонение в дате скидки оплаты и отклонение в оплате.
По умолчанию для окна Предупреждение относительно отклонений в оплате установлен параметр Оставить Баланс как Сумму остатка, а для окна Предупреждение относительно отклонений в скидке оплаты Не Принимать Просроченную Скидку Оплаты.
Настройка допустимых отклонений
Блокировка отклонения в оплате для клиента и поставщика
Отклонение в оплате и отклонение в скидке оплаты